Mit der Diktatur von Idi Amin, seinem Sturz im Jahr 1979 und dem Bürgerkrieg um die Nachfolge brach die Katastrophe über Zombo herein. Dem Kampf gegen den Diktator, bei dem der Nordwesten, woher Amin stammte, zentraler Kriegsschauplatz war, folgten jahrelange bewaffnete Konflikte zwischen Amins Nachfolgern und Rebellengruppen aus ehemaligen Amin-Soldaten (Kei-Kei und West Nile Bank Front), welche die Kontrolle über das Gebiet an sich gerissen hatten. Die Jahre unter den Rebellen waren geprägt durch Gesetzlosigkeit und Chaos. In dieser Zeit wurde Zombo verwüstet, und die Bevölkerung versank in Armut und Elend. Heute noch sind diese Jahre nicht überwunden.
Viele Einwohner/innen wurden umgebracht, und noch mehr flohen nach Kongo und in den Sudan. Die Zentren, Dörfer, Brücken und Strassen wurden beschädigt oder zerstört. Die landwirtschaftliche Produktion brach ein, die Felder verwahrlosten. Es entstand Feindschaft und Hass zwischen den Stämmen. Die Menschen mussten ohne Hilfe mit den schrecklichen Gewalterlebnissen fertig werden, die viele von ihnen erlitten.
Auch nach der Machtübernahme durch Yoweri Museveni im Jahr 1986 – heute noch der Präsident Ugandas – brach die Gewalt nicht ab. Jetzt bekämpfte die Lord's Resistance Army (LRA) die Regierungsarmee. Die LRA wurde zwar bald aus Zombo vertrieben, immer weiter nach Norden gedrängt und verschob sich ab dem Jahr 2000 nach Kongo, Sudan und schliesslich in die Zentralafrikanische Republik. Zombo blieb aber am Rand der sensiblen Bürgerkriegs-Region mit hoher Truppenpräsenz isoliert und war ein vergessenes Gebiet.
Auch wenn es kaum mehr bewaffnete Auseinandersetzungen gab, konnte sich die Region nicht wirklich erholen. Die Unterstützung der Zentralregierung in Kampala zum Wiederaufbau und zur Entwicklung war zu schwach. Wegen dem Krieg in Kongo flüchteten immer wieder Menschen nach Zombo, zum Beispiel im Ituri-Konflikt von 1999 bis 2003 zwischen den Lendu und den Hema. Zombo blieb im Teufelskreis der Armut gefangen.
Viele Ärzte, medizinisches Personal und auch Lehrer flohen während der Zeit der Gewalt. Medizinische Zentren und Schulen wurden geschlossen. Die Langzeitfolgen waren eine hohe Kindersterblichkeit, verbreitete Krankheiten und ein niedriger Bildungsstand. Stark mit dem Krieg verbunden war auch die Verbreitung von Aids. Die Bars und billigen Unterkünfte, die entstanden, bewirkten eine beschleunigte Ausbreitung.
Heute zeigen sich in Zombo einige Silberstreifen am Horizont. Der Handel über die Grenze nach Kongo nimmt zu, ein bescheidener Aufschwung scheint einzusetzen. Um die Folgen der Kriegsjahre zu überwinden, braucht es aber noch eine grosse Anstrengung. Bittere Armut ist unter der Bevölkerung weit verbreitet. Die Infrastruktur des Distrikts, zum Beispiel die Strassen, ist immer noch nicht wieder hergestellt, und die staatlichen Leistungen im Bereich Gesundheit oder Bildung sind minimal. Hinzu kommt, dass immer wieder Flüchtlingsströme aus dem benachbarten Sudan nach Zombo kommen, was eine zusätzliche Belastung für das Bildungs- und Gesundheitssystem bedeutet.
Im Bildungssektor sind nach wie vor grosse Investitionen notwendig. Die Schulen sind in schlechtem Zustand, stark überfüllt, haben zu wenig Materialien und oftmals keinen Zugang zu sauberem Wasser. Die Bildung ist der Ansatz von CO-OPERAID, um den Kriegsgeschädigten und Aidsbetroffenen zu helfen. Eine bessere Bildung für die Kinder – viele von ihnen Waisen – ist eine Voraussetzung für den Aufschwung in der Zukunft. Dazu bekämpft CO-OPERAID die Armut mit Förderprogrammen für Frauen- und Jugendgruppen.
(siehe auch: Hilfsprojekt für Waisenkinder in Uganda)
